廣州市黃埔區學(xué)大道攬月路廣州企業(yè)孵化器B座402
電話(huà)：020-85625352
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Email：servers@gzscbio.com
Fax：020-85625352
QQ：386244141
項目名稱(chēng)：在線(xiàn)富集分析系統簡(jiǎn)介
所屬分類(lèi)：生物信息學(xué)分析
聯(lián)系電話(huà)：020-85625352
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Email：servers@gzscbio.com
技術(shù)服務(wù)描述
1. 背景簡(jiǎn)介
對于轉錄組分析而言，往往涉及到成千上萬(wàn)個(gè)基因，這會(huì )使分析變得很復雜。解決思路是將一個(gè)基因列表分成多個(gè)部分，從而減少分析的復雜度。為了解決怎么分成不同類(lèi)，通常會(huì )對基因功能進(jìn)行富集分析, 期望發(fā)現在生物學(xué)過(guò)程中起關(guān)鍵作用的生物通路, 從而揭示和理解生物學(xué)過(guò)程的基本分子機制。功能富集分析可以將成百上千個(gè)基因、蛋白或者其他分子分到不同的通路中，以減少分析的復雜度。
在實(shí)際研究中，如對照組與實(shí)驗組的差異變化顯著(zhù)性，重復性好壞等因素，部分關(guān)鍵性基因并不一定能達到閾值篩選標準出現在基因篩選列表中。 這時(shí)，需要根據研究的生物學(xué)意義，適當調低篩選基因的標準，結合基因表達的具體情況，重新篩選一批基因，這樣的操作可能讓后續富集結果發(fā)生顯著(zhù)改變。
為了更加方便各位學(xué)者的研究?；诖?，已有多個(gè)團隊開(kāi)發(fā)過(guò)網(wǎng)頁(yè)在線(xiàn)富集系統，如 David, KOBAS 3.0, 本篇文章將介紹 KOBAS 3.0 的使用。
富集分析效果對比如下圖展示，左邊為 “KOBAS 3.0”在線(xiàn)富集分析 的結果, 右邊為 “使用R包c(diǎn)lusterProfiler(v3.12.0)及注釋庫org.Hs.eg.db(v3.8.2)” 進(jìn)行富集分析的結果, 為方便對比將兩者通路中的富集基因數進(jìn)行排序。
2. KOBAS 3.0 的使用
KOBAS 3.0 主頁(yè)：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/
該工具是出自北京大學(xué)魏麗萍教授團隊，相比DAVID，它更新速度快，并且提供免費的KEGG富集。
2.1. 簡(jiǎn)易上手
打開(kāi)主頁(yè): http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/ ，或主頁(yè)點(diǎn)擊如下：
在彈出的新頁(yè)面中，選擇對應的Species、Input type，輸入geneID，選擇富集的數據庫Database，點(diǎn)擊run即可進(jìn)行富集分析，界面如下：
2.2. 網(wǎng)站首頁(yè)功能介紹
網(wǎng)站首頁(yè)功能介紹如下:
2.3. 基因注釋功能
在A(yíng)nno界面輸入基因List，點(diǎn)擊run
結果如下：
點(diǎn)擊Pathway的details，結果如下：
點(diǎn)擊Disease的details,結果如下：
點(diǎn)擊GO的details，結果如下：
