技術(shù)服務(wù)描述

文庫構建

樣品質(zhì)檢合格后，Input樣品，使用去核糖體轉錄組建庫，IP樣品，核糖體含量低，采用全轉錄組建庫。

文庫構建完成后，隨后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 對文 庫大小范圍進(jìn)行檢測，插入的目的片段大小符合預期后，使用 Q-PCR 方法對文庫的有效濃度進(jìn)行準確定量（文庫有效濃度 ＞3nM），以保證文庫質(zhì)量

庫檢合格后，將不同文庫按照有效濃度及目標下機數據量的需求 pooling，采用 Nova PE150 模式進(jìn)行測序。測序數據量 6G。

分析流程

circRNA的分析，我們采用最新circRNA分析軟件CIRIquant。 首先對Raw reads進(jìn)行過(guò)濾，去除接頭序列、含N較多的序列及低質(zhì)量的reads，獲得高質(zhì)量 數據（Clean reads）。然后通過(guò)與核糖體數據庫進(jìn)行比對，去除核糖體RNA 序列，獲得effective reads，一方面，將effective reads 通過(guò)hisat2與參考基因組進(jìn)行比對（mapping）通過(guò)string將mapping的reads組裝成mRNA，產(chǎn)生mRNA表達矩陣。另一方面，effective reads 通過(guò)CIRI2預測circRNA的反向剪切位點(diǎn)（Back-splicing junction)，得到預測的circRNA,再將預測的circRNA重新匹配回反向剪切位點(diǎn)的reads,得到circRNA的表達矩陣，于此同時(shí)，兩個(gè)方面聯(lián)合分析可得到circRNA的剪切比率。